Jörn Müller-Quade ist Inhaber des Lehrstuhls für IT-Sicherheit, Direktor am FZI, leitet das Institut für Kryptographie und Sicherheit (IKS) sowie das Europäischen Instituts für Systemsicherheit (EISS), welches die Kooperation des IKS mit dem FZI und Industriepartnern bündelt. Darüberhinaus koordiniert er das Begabtenkolleg, dessen Ziel die zielgerichtete Förderung herausragender Studenten ist. Er ist Initiator des Kompetenzzentrums KASTEL. Seine Forschungsinteressen liegen in der wissenschaftlichen Fundierung der IT-Sicherheit, insbesondere bei kryptographischen Protokollen.

Der Lehrstuhl für IT-Sicherheit wird von Professor Müller-Quade geleitet. Die zentralen Forschungsschwerpunkte sind sicheres Cloud Computing, sichere Mehrparteienberechnung, Schlüsselaustauschverfahren, Sicherheitsdefinitionen und -modelle, sowie allgemeine Sicherheitsfragen. Das am IKS entwickelte Wahlverfahren "Bingo Voting" wurde 2008 mit dem deutschen IT-Sicherheitspreis ausgezeichnet.

Aktuelle Themen mit bislang schwer erfüllbaren Anforderungen sind beispielsweise Intelligente Infrastrukturen für die Energiewende, unbedenkliches Cloud Computing sowie Outsourcing, eine datenschutzkonforme Überwachung öffentlicher Räume und Sicherer Schlüsselaustausch über Funkkanäle.